まずmtCellEditを起動する。ツールメニューのOptions > Program Referencesを選択。
Filterにfontと入力すると3個の項目が表示されるのでまず「main_font_filename」を選択します。ダブルクリック又は、Editで開きます。

使用する日本語フォントをPuppyのディレクトリから選択します。通常/usr/share/fonts/default/TTFにあると思います。ここではM+1P+IPAG.ttfにしてみました。済めば「OK」でこの項目を終了させます。

次に「main_font_type」を変更します。一番下の「New Value」を「(2)=Custom」にし「OK」で終了させます。

最終的に以下

これで終了です「Cancel」で終わらせます。
以下とおりセルの日本語が文字化けせずに表示された。

*各設定で設定値をキーボードから直接入力する事は出来ないみたいです。まだほとんど使ってない状態です。本当の所どのぐらい使えるかわかりませんが、面白そうなソフトです。
Puppy4.3.1JP+mtCellEdit1.0.0