4.3は今までのPuppyと大きく変化しているのは確かです。まずはPETパッケージの仕様が変更になっている様に見える。これに関しては、Puppyパッケージマネージャの記述を読んで理解する必要がありそうです。以下の二つのページは必読でしょう。自分はまだ詳しくは解りません。
Woof introduction: http://puppylinux.com/woof/index.html
PPM introduction: http://puppylinux.com/woof/ppm.htm
PETパッケージに関しては「Package database-entry creator」でPETパッケージのデータベースを作っておく必要があるみたいです。これが絶対必要なのかはまだわかりません。PETパッケージのインストールもダウンロードサイトが結構選択出来るみたいです。古い今までのPETパッケージも使えるのでしょうが、新しく作り直した方が良いかもしれません。

debファイルをダウンロードして展開しようとしたところ、ファイルをクリックしたらいきなりPuppyにインストールされてしまいました。これは今までなかった動作なので少し戸惑いました。この動作はどうなんでしょう、便利なようで逆におせっかいな感じもあります。
poppler-dataのdebファイルをクリックしたら以下の様にPPMでインストール出来た。

puppy-4.3beta1-k2.6-29.6-v423.iso使用